Halobacillus ihumii strain Marseille-Q1234T

Halobacillus ihumii strain Marseille-Q1234T adalah nama spesies bakteri baru dari Genus Halobacillus,  yang berhasil diisolasi dari mikrobiota saluran pencernaan manusia. Genus Halobacillus pertama kali diisolasi dan didenkripsikan oleh Spring et al.. Sesuai dengan namanya genus Halobacillus mempunyai toleransi yang tinggi terhadap salinitas. Anggota dari genus ini juga banyak ditemukan di lingkungan tanah salin, danau garam, tanah mangrove dan anemon laut [3].

Nama penunjuk spesies ihuumi diambil dari kata IHU yang merupakan akronim dari nama universitas di Perancis bernama Institute Hospitalo-Universitarire (IHU) Mediterranee Infection (MI) of Marseille.

Eksplorasi mikrobiota tubuh manusia masih terus berlanjut melalui Proyek Mikrobioma Manusia atau The Human Microbiome Project. Proyek ini menggunakan pendekatan kulturomik dan taksono-genomik yang memungkinkan ditemukannya spesies-spesies bakteri baru, terutama pada kelompok bakteri yang tidak dapat dikultur dalam medium pertumbuhan. Melalui metode ini setidaknya dapat mengidentifikasi lebih dari 50% mikrobiota yang berada disaluran pencernaan manusia [2,4].

Karakterisasi pada bakteri bertujuan untuk menentukan identitas agar mudah dipelajari. Identifikasi dan determinasi spesies bakteri ini dilakukan menggunakan pendekatan fenotipik dan genotipik. Hasil identifikasi secara ringkas dijelaskan pada poin-poin dibawah ini.

Bakteri telah diisolasi pada bulan tahun 2019 dari sampel feses seorang anak normal berusia 19 tahun asal Mali, sebuah negara yang terletak di Afrika Barat.

{tocify} $title={Daftar isi}

A. Isolasi, Skrining Isolat dan Kondisi Pertumbuhan Bakteri

Sampel diisolasi pada medium halofilik pada suhu  37 °C, pH 7,5 dan dengan kondisi aerob. Koloni bakteri tumbuh setelah diinkubasi selama 24 jam.

Identifikasi pertama isolat bakteri dilakukan menggunakan metode MALDI-TOF MS dengan Microflex LT Spektorofotometer (Bruker Daltonics, Bremen, German) yang dibandingkan dengan pangkalan data dari Microbe Evolution, Phylogeny, and Infection (MEPHI). Hasil identifikasi menunjukkan tidak adanya kecocokan sampel bakteri dengan database. 

B. Karakter Fenotip Bakteri Halobacillus ihumii

• Koloni bakteri Halobacillus ihumii strain Marseille-Q1234T yang tumbuh pada medium Blood Agar berwarna merah jambu (pink), berbentuk sirkular dengan tepi rata dan mempunyai ukuran diameter koloni 0,5 mm.
• Sel bakteri berbentuk batang / basil dengan ukuran panjang sel 1,4 - 1,9 μm dan diameter 0,4 - 0,5 μm, motil, Gram positif (+), mampu membentuk endospora, Positif Katalase dan Negatif Oksidase.
• Bakteri ini mampu tumbuh optimal pada medium halofilik (mengandung garam) pada suhu 3737 °C dalam kondisi aerob.
• Uji biokimiawi dengan API ZYM menunjukkan reaksi posistif pada uji β-galaktosidase, esterase, esterase lipase (c8), dan α-glukosidase.
• Uji biokimiawi dengan API 50 CH hanya menunjukkan reaksi positif pada uji hidrolisis eskulin dan fermentasi turanosa.

Mikrograf SEM dari bakteri Halobacillus ihumii strain Marseille-Q1234T

C. Informasi Genetik Bakteri Halobacillus ihumii

• Genom bakteri Halobacillus ihumii strain Marseille-Q1234T berukuran 4.293.027 pasang basa (bp) dengan konten G+C sebesar 41,1 %.
• Sekuen nukleotida 16S rRNA bakteri Halobacillus ihumii strain Marseille-Q1234T memiliki kemiripan sebesar 98,46 % terhadap Halobacillus naozhouensis strain JSM 071068T (GeneBank no. akses NR_116505.1).
• Analisis pohon filogenetik sekuen nukleotida 16S rRNA menunjukkan kedekatan dengan bakteri Halobacillus naozhouensis strain JSM 071068T dengan nilai 98 dan membentuk percabangan terpisah dalam nomenklatur.
• Analisis OrthoANI menunjukkan nilai 92,03% dengan spesies H. alkaliphilus dan H. halophilus.
• Sekuen whole genome dan nuklotida 16S rRNA bakteri Halobacillus ihumii strain Marseille-Q1234T berhasil didaftarkan di GeneBank sebagai novel species dengan nomer akses LR745662 dan CACVAO010000000.

Pohon Filogenetik bakteri Halobacillus ihumii strain Marseille-Q1234T

D. Sumber & Referensi

• Konate et al. Halobacillus ihumii sp. nov., a new bacterium isolated from stool healthy children living in Mali. JNMNI June, 2020. Elsevier Ltd. DOI: https://doi.org/10.1016/j.nmni.2020.100708.
• Lagier, J.C., et al. Microbial culturomics; paradigm shift in the human gut microbiome study. clin Microbial Infect. 2012; 18: 1185-1193. DOI: 10.1111/1469-0691.12023.
• Spring et al. Halobacillus gen. nov. with description of Halobacillus litoralis sp. nov. and Halobacillus truperi sp. nov., and transfer of Sporosarcina halophila to Halobacillus halophilus comb. nov. Int J Bacteriol. 1996; 46:492-496.
• Turnbaugh, P.J., Ley, R.E., Hamady, M., Frasser-Liggett, C.M., Knight, R., dan Gordon, J.L. The human microbiome project. Nature 2007;449:804-10.

Follow

MicrobeHolic Situs berbagi ilmu Biologi dan Mikrobiologi. Silahkan follow situs ini untuk mendapatkan update terbaru.

Share this post